Protokolov (Marec 2020)

Uporaba povišanih plus labirinta kot preizkus vedenja pri glodalcih

Uporaba povišanih plus labirinta kot preizkus vedenja pri glodalcih

Izvleček Povišan plus labirint je široko uporabljen vedenjski test za glodalce in je bil potrjen za oceno protitresivnih učinkov farmakoloških zdravil in steroidnih hormonov ter za določitev možganskih regij in mehanizmov, na katerih temelji vedenje, povezano z anksioznostjo. Na kratko, podgane ali miši so nameščene na stičišču štirih krakov labirinta, obrnjene proti odprti roki, vnose / trajanje v vsako roko pa sistem za spremljanje videoposnetkov in hkrati opazuje 5 minut. Opaziti je m

Generacija opredeljene in enotne populacije potomcev in nevronov CNS iz matičnih celic mišjih zarodkov

Generacija opredeljene in enotne populacije potomcev in nevronov CNS iz matičnih celic mišjih zarodkov

Izvleček Opisan je podroben protokol, ki omogoča generiranje v bistvu čistih populacij glutamatergičnih nevronov iz mišjih embrionalnih matičnih celic (ES). Temelji na kulturi celic ES, ki jih s ponavljajočim cepljenjem ohranjamo nediferencirane in jih naknadno amplificiramo kot nelepljene celične agregate. Zdravl

Popravek: standardiziran protokol za ponavljajoči se družbeni poraz pri miših

Popravek: standardiziran protokol za ponavljajoči se družbeni poraz pri miših

Prvotni članek je bil objavljen 21. julija 2011 Nat. Protoc. 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10.1038 / nprot.2011.361; objavljeno na spletu 21. julija 2011; popravljeno po tisku 17. decembra 2014 V prvotno objavljeni različici tega članka je bilo nekaj zmede glede razlage stavka "Nadalje je treba poraze voditi pod stalnim veterinarskim ocenjevanjem in s popolno odobritvijo vseh potrebnih institucionalnih preglednih odborov in standardov.&quo

Analiza citokineze na citokine z mikronukleusom

Analiza citokineze na citokine z mikronukleusom

Ta članek je bil posodobljen Izvleček Analiza citokineze na mikrotukleusni blok citokinez je celovit sistem za merjenje poškodb, citostaze in citotoksičnosti DNK. Dogodki poškodbe DNK se določijo posebej v enkrat razdeljenih dvokoličnih (BN) celicah in vključujejo (a) mikronukleuse (MNi), biomarker loma kromosomov in / ali izgubo celotnega kromosoma, (b) nukleoplazemski mostovi (NPB), biomarker DNK napačne popravke in / ali končne fuzije telomerov in (c) jedrske brsti (NBUD), biomarker za odstranjevanje ojačanih DNA in / ali kompleksov za popravilo DNK. Citostati

Za posamezno mesto vključitev fluorotirozinov v R2 podenoto E. coli ribonukleotid reduktaze z izraženo ligacijo proteinov

Za posamezno mesto vključitev fluorotirozinov v R2 podenoto E. coli ribonukleotid reduktaze z izraženo ligacijo proteinov

Izvleček Izraženo vezivanje beljakovin (EPL) omogoča sesintezo ciljnega proteina z vgrajenimi sondami ali nenaravnimi aminokislinami na njihovih N ali C koncih. Tu opisujemo protokol, ki ga je razvil naš laboratorij za vključitev fluorotirozinov (F n Ys) v ostanku 356 majhne podenote Escherichia coli ribonukleotid reduktaze z uporabo EPL. V t

Popravek: Analiza števila kopij na celotnem genomu posameznih celic

Popravek: Analiza števila kopij na celotnem genomu posameznih celic

Izvirni članek je bil objavljen 03. maja 2012 Nat. Protoc. 7 , 1024–1041 (2012); objavljeno na spletu 3. maja 2012; popravljeno po natisu 24. februarja 2016 V prvotno objavljeni različici tega članka so bile enote za koncentracijo NaCl v pufru NST, opisane v razdelku z nastavitvami reagentov, napačne. Prav

Visokoprotočni in vivo mikronukleusni test za presejanje genomske nestabilnosti pri miših

Visokoprotočni in vivo mikronukleusni test za presejanje genomske nestabilnosti pri miših

Predmeti Poškodba in popravilo DNK Pretočna citometrija Genska nestabilnost Miška Izvleček Opisali smo občutljivo, robustno, visokoprepustno metodo za količinsko določitev tvorbe mikrojeder, markerjev nestabilnosti genoma v mišjih eritrocitih. Mikronuklei so celi kromosomi ali kromosomski segmenti, ki so bili ločeni od jedra. Druge m

Pregled aktivnosti substrata (SAS): splošni postopek za pripravo in presejanje fragmentirane nepeptidne knjižnice substrata za odkritje zaviralcev

Pregled aktivnosti substrata (SAS): splošni postopek za pripravo in presejanje fragmentirane nepeptidne knjižnice substrata za odkritje zaviralcev

Izvleček Preiskovanje substratne aktivnosti (SAS) je fragmentirana metoda za hiter razvoj novih substratov in njihovo pretvorbo v nepeptidne inhibitorje Cys in Ser proteaz. Metoda je sestavljena iz treh korakov: (i) se pregleda knjižnica N -acil aminokamarinov z raznolikimi N -acilnimi skupinami z nizko molekulsko maso, da se identificirajo proteazni substrati s preprostim testom na osnovi fluorescence; (ii) identificirani substrati N -akil aminocoumarina so optimizirani s hitro analogno sintezo in oceno; in (iii) optimizirani substrati se pretvorijo v inhibitorje z neposredno nadomeščanjem ami

Primarna kultura govejih kromafinskih celic

Primarna kultura govejih kromafinskih celic

Izvleček Ta protokol opisuje primarno kulturo posameznih kromafinskih celic, pridobljenih z encimsko prebavo iz nadledvične žleze goveje nadledvične žleze. Od poznih sedemdesetih let so takšne celice predstavljale uporaben modelni sistem za preučevanje biosinteze, shranjevanja in sproščanja nevrotransmiterjev v kateholaminergičnem sistemu. Protokol

Biosenzorski testi za PQS, HHQ in z njimi povezane 2-alkil-4-kinolonske signalne molekule kvoruma

Biosenzorski testi za PQS, HHQ in z njimi povezane 2-alkil-4-kinolonske signalne molekule kvoruma

Izvleček 2-alkil-4-kinoloni (AHQ), kot sta 2-heptil-3-hidroksi-4-kinolon (PQS) in 2-heptil-4-kinolon (HHQ), so signalne molekule kvoruma. Tu smo opisali metode za odkrivanje AHQ, predhodno identifikacijo in kvantifikacijo, pri katerih je uporabljen ses AHQ biosenzorja Pseudomonas aeruginosa Aseg. Protokol opisuje tako tankoplastno kromatografijo (TLC) kot tudi mikrotitrske plošče, ki kot končne točke zaznavanja uporabljajo bioluminiscenco ali zeleno barvo piocianina. Izv

Kvantitativna analiza testov zajemanja kromosomske konformacije (3C-qPCR)

Kvantitativna analiza testov zajemanja kromosomske konformacije (3C-qPCR)

Izvleček Tehnologija zajemanja kromosomske konformacije (3C) je pionirska metodologija, ki omogoča raziskovanje genomske organizacije in vivo v merilu, ki obsega nekaj deset do nekaj sto kilobaznih parov. Razumevanje zlaganja genoma v tej lestvici je še posebej pomembno pri sesalcih, kjer so razpršeni regulacijski elementi, kot so ojačevalci ali izolatorji, vključeni v regulacijo genov. 3C t

Izdelava brezceličnih izvlečkov jajčec Xenopus in demembraniziranega kromatina sperme za sestavljanje in izolacijo in vitro oblikovanih jeder za Western blot in skeniranje elektronske mikroskopije (SEM)

Izdelava brezceličnih izvlečkov jajčec Xenopus in demembraniziranega kromatina sperme za sestavljanje in izolacijo in vitro oblikovanih jeder za Western blot in skeniranje elektronske mikroskopije (SEM)

Izvleček Ta protokol podrobno opisuje metode za tvorjenje brez celičnih izvlečkov in šablon DNK iz jajčeca in kromatina sperme, krempljeve krastače Xenopus laevis . Ta sistem smo uporabili s skenirajočo elektronsko mikroskopijo (SEM), kot je podrobno opisano v nadaljevanju, za analizo biokemijskih potreb in strukturnih poti za biogenezo evkariontskih jedrskih ovojnic (NEs) in kompleksov jedrskih por (NPC). Ta pr

Pridobivanje genomov nekultiviranih mikroorganizmov v okolju z uporabo enocelične genomike na osnovi FACS

Pridobivanje genomov nekultiviranih mikroorganizmov v okolju z uporabo enocelične genomike na osnovi FACS

Predmeti Okoljska mikrobiologija Pretočna citometrija Genomika Povečanje celotnega genoma Izvleček Enocelična genomika je močno orodje za raziskovanje genske sestave okoljskih mikroorganizmov, katerih večino je težko, če ne celo nemogoče, gojiti s sedanjimi pristopi. Tukaj predstavljamo celovit protokol za pridobivanje genomov iz nekultiviranih mikrobov v okolju s pomočjo visokopropustne enocelične izolacije s FACS. Protokol

Artritis, ki ga povzročajo kolagen

Artritis, ki ga povzročajo kolagen

Izvleček Mišični model s kolagenom povzročen artritis (CIA) je najpogosteje preučevan avtoimunski model revmatoidnega artritisa. Avtoimunski artritis se v tem modelu sproži z imunizacijo z emulzijo popolnega Freundovega adjuvansa in kolagena tipa II (CII). Ta protokol opisuje korake, potrebne za pridobitev, zdravljenje in pripravo KII, pa tudi izbor mišijih sevov, pravilno tehniko imunizacije in oceno pojavnosti in resnosti artritisa. Običa

Generacija možganskih organoidov iz človeških pluripotentnih matičnih celic

Generacija možganskih organoidov iz človeških pluripotentnih matičnih celic

Predmeti Razvoj živčnega sistema Nevrogeneza Nevrološki modeli Diferenciacija matičnih celic Izvleček Razvoj človeških možganov kaže več edinstvenih vidikov, kot sta povečana zapletenost in razširitev nevronskih izhodov, ki se je izkazalo za težko proučevati v modelnih organizmih. Kot rezultat, so in vitro pristopi k modeliranju možganskega razvoja možganov in bolezni intenzivno področje raziskav. Tu opisujemo ne

Napaka: Analiza navezanih delcev superpovijene krožne DNK z uporabo peptidnih nukleinskih kislin

Napaka: Analiza navezanih delcev superpovijene krožne DNK z uporabo peptidnih nukleinskih kislin

Prvotni članek je bil objavljen 21. avgusta 2014 Nat. Protoc. 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10.1038 / nprot.2014.152; objavljeno na spletu 21. avgusta 2014; popravljeno po tisku 12. septembra 2014 V prvotno objavljeni različici tega članka vir, iz katerega so bile prilagojene slike 2, 4, 8 in 9, ni bil naveden in pravilno naveden. Nap

Celovita analiza mononuklearnih fagocitov mrežnice mrežnice

Celovita analiza mononuklearnih fagocitov mrežnice mrežnice

Predmeti Nevroimunologija Retina Izvleček Prirojeni imunski sistem se aktivira pri številnih degenerativnih in vnetnih mrežničnih motnjah, kot je starostna degeneracija makule (AMD). Mikroglija mrežnice, koreroidni makrofagi in rekrutirani monociti, ki jih skupaj imenujemo "mrežnični mononuklearni fagociti", so ključni dejavniki izida očesne bolezni. Številn

Razvoj, potrjevanje in izvajanje afinitete imobiliziranih kovin za presejalne preiskave na osnovi fosfokemičnih snovi (IMAP) za knjižnice z nizko molekulsko maso

Razvoj, potrjevanje in izvajanje afinitete imobiliziranih kovin za presejalne preiskave na osnovi fosfokemičnih snovi (IMAP) za knjižnice z nizko molekulsko maso

Izvleček Ta protokol opisuje analizo razvoja, potrjevanje in izvajanje avtomatizirane afinitete imobiliziranega kovin za fosfokemične (IMAP) fluorescentno polarizacijo (FP) in časovno ločljive fluorescentne resonančne resonančne prenose energije (TR-FRET) s preskusom visoke prepustnosti (HTS) za identifikacijo zaviralci kinaze z nizko molekulsko maso. Oba

Popravek: nanokatalizatorji na osnovi kobalta za oksidacijo in hidrogenacijo v zeleni barvi

Popravek: nanokatalizatorji na osnovi kobalta za oksidacijo in hidrogenacijo v zeleni barvi

Prvotni članek je bil objavljen 21. maja 2015 Nat. Protoc. 10 , 916–926 (2015); objavljeno na spletu 21. maja 2015; popravljeno po tisku 16. septembra 2015 V prvotno objavljeni različici tega članka je bil polje 1 napačen naslov; pravilen naslov je "Poskusi recikliranja katalizatorja z nitrobenzenom: 30 h."