Nov avtosomno recesivni nesindromski slušni aparat dfnb96 na kromosomu 1p36.31 – p36.13 | časopis za človeško genetiko

Nov avtosomno recesivni nesindromski slušni aparat dfnb96 na kromosomu 1p36.31 – p36.13 | časopis za človeško genetiko

Anonim

Predmeti

  • Bolezni genetika

Izvleček

Nov lokus za avtosomno recesivno nesindromsko okvaro sluha (ARNSHI), DFNB96, je bil preslikan na območje 1p36, 31-p36.13. S pomočjo ARNSHI smo uporabili vzorce DNK iz sorodne družine iz Pakistana s celotnim genomom. Pri označevanju rs8627 (kromosom 1: 8, 34 Mb) pri θ = 0 je bil dosežen največ 3-točkovni logaritem kvota (LOD), ki je znašal 3, 2, pri 15 sočasnih označevalcih od rs630075 (9, 3 Mb) pa je bil dosežen pomemben najvišji LOD rezultat več točk 3, 8. ) do rs10927583 (15, 13 Mb). Podporni interval s 3 enotami in območje homozigosti sta bila ločena z označevalcema rs3817914 (6, 42 Mb) in rs477558 (18, 09 Mb) in sta vsebovala 11, 67 Mb. Od 125 genov v intervalu DFNB96 so bili predhodno identificirani gen ARNSHI za DFNB36, ESPN in dva gena, ki povzročata Bartterjev sindrom, CLCNKA in CLCNKB , vendar niso bile ugotovljene nobene potencialne vzročne variante.

Glavno

Čeprav je bilo kartografiranih 90 avtosomno recesivnih nesindromskih slušnih motenj (ARNSHI) in je bilo ugotovljenih 41 genov ARNSHI, je treba odkriti na stotine genov ARNSHI; znanje o funkcionalnosti teh genov bi moralo pomagati pri izboljšanju trenutnih diagnostičnih in protokolov zdravljenja za okvaro sluha (HI). Tukaj je predstavljen nov lokus, DFNB96, ki preslika na območje 1p36, 31-p36, 13 z največjo logaritem več točk, koeficientov (LOD), 3, 8. Lokus DFNB96 je bil preslikan na območje, ki vsebuje 11, 67 Mb, z uporabo vzorcev DNK iz sorodne pakistanske družine, ki je ločila ARNSHI. Po odobritvi študije s strani institucionalnih revizijskih odborov univerze Quaid-I-Azam in Medicinske fakultete in pridruženih bolnišnic Baylor je bilo pridobljeno informirano soglasje sodelujočih družinskih članov. ARNSHI je bil ločen od družine 4514, rodovnikov iz provincije Sindh v Pakistanu (slika 1a). Ni bil razjasnjen noben možen vzrok okoljske HI, kot so perinatalni dogodki, okužbe, uporaba ototoksičnih drog in travme. Za izključitev sindromne ali vestibularne bolezni so opravili natančen fizični pregled. Avdiogrami dveh posameznikov HI, IV-1 in IV-6, so pokazali dvostransko hudo do globoko HI, ki je bilo predhodno jezikovno glede na klinično anamnezo (slika 2).

Image

( a ) Rodovniško risanje in haplotip družine 4514. Napolnjeni simboli označujejo posameznike z ARNSHI, jasni simboli pa predstavljajo slušne osebe. Haplotip, ločen z ARNSHI, je prikazan v polju, na levi strani paterinski haplotipi, na desni pa materalni haplotipi. Območje homozigosti pri osebah z ARNSHI je omejeno z markerji rs3817914 (kromosom 1: 6, 42 Mb) in rs477558 (kromosom 1: 18, 09 Mb). ( b ) kromosom 1p, ki prikazuje genetski interval za DFNB96. Prikazane so tudi lokacije gena NSHI ESPN in sindromnih genov CLCNKA in CLCKNB s svojo smerjo prepisa, označeno s puščico.

Slika v polni velikosti

Image

Avdiogrami posameznikov IV-1 in IV-6 družine 4514. Testiranje prevodnosti zraka je označeno s krogi za desno uho in križci za levo uho. Črne oznake so za posamezne IV-1, sive oznake pa za posamezne IV-6. Testiranje je bilo izvedeno za posameznika IV-1 pri 24 letih in za IV-6 pri starosti 38. Okvara sluha pri obeh posameznikih je bila dvostranska in zelo globoka, vključevala je vse frekvence.

Slika v polni velikosti

Standardno odvzem DNK iz venske krvi so izvedli za devet družinskih članov, od tega so pri štirih ugotovili, da imajo HI (slika 1a). Gen GJB2 (MIM 121011) je bil sekvenciran pri osebah HI in je bilo ugotovljeno, da negativno vpliva na različice GJB2 . Vzorci DNK devetih družinskih članov so bili uporabljeni za izvajanje pregleda celostnega genoma v centru za raziskovanje dednih bolezni z uporabo matrike Infinium iSelect, ki ima 6000 SNP markerjev. S PEDCHECK niso bile ugotovljene mendelske neskladnosti v podatkih o genotipu. 1 Prav tako dogodki z dvojno rekombinacijo na kratkih genetskih razdaljah, ki jih večinoma povzroča genotipična napaka, niso bili odkriti s programsko opremo MERLIN 2 .

Analiza povezave je bila izvedena z uporabo popolnoma prodirajočega podedovanja avtozomno recesivnega načina s frekvenco alele bolezni 0, 001. Frekvenca alel Marker je bila ocenjena z uporabo opazovanih in rekonstruiranih genotipov ustanoviteljev iz 60 pakistanskih družin, ki so hkrati opravili pregled genoma. Z uporabo MLINK paketa FASTLINK 3 smo za marker rs8627 (kromosom 1: 8, 34 Mb) pri θ = 0 (preglednica 1) dobili največ 2-točkovno LOD oceno 3, 2. Za izvedbo večtočkovne analize so bile uporabljene razdalje genetskih zemljevidov po Rutgersovi kombinirani povezovalno-fizični karti človeškega genoma Build 36, različica 4 . Za označevalce, ki jih ni bilo mogoče najti na Rutgersovi karti, smo za interpoliranje položaja genske karte uporabili fizični položaj zemljevida iz referenčnega zaporedja človeka (Build 36). Analiza večtočkovne povezave je bila izvedena z uporabo ALLEGRO1.2c 5 na območju kromosoma 1p36. Za 15 sosednjih markerjev od rs630075 (9, 29 Mb) do rs10927583 (15, 13 Mb) je bil dosežen pomemben najvišji LOD rezultat 3, 8. Opaženi rezultat LOD 3, 8 je večji od LOD 3, 3, kar je merilo za določitev pomena za genom za parametrične študije povezav. 6 Podporni interval s 3 enotami leži med lokatorji SNP markerjev rs3817914 (6, 42 Mb) in rs477558 (18, 09 Mb) (tabela 1). Pri rekonstrukciji haplotipov s SimWalk2 7 je bilo ugotovljeno, da je območje homozigosti omejeno z istimi markerji, ki lovijo 3-enotni podporni interval (slika 1a). Zgornjo in spodnjo mejo homozigosti so razmejili zgodovinski dogodki rekombinacije med markerjema rs3817914 in rs8627 ter markerjema rs10927583 oziroma rs477558.

Tabela polne velikosti

Interval povezave obsega 17, 53 cM območja, ki vsebuje 11, 67 Mb in 125 znanih genov. Devet HI lokusov, ki sodelujejo v sindromni ali nesindromski HI, so preslikali na kratko roko kromosoma 1 (1p). Sindromni lokusi vključujejo (a) STL2 (Sticklerjev sindrom) pri 1p21.1, kar je posledica mutacij v genu COL11A1 8 (MIM 120280), (b) WS2B 9 (Waardenburg sindrom tip 2B; MIM 600193) pri 1p21-p13 .3 in (c) Bartterjev sindrom zaradi treh genov, BSND 10 (MIM 606412) pri 1p32.3, in CLCNKA 11 (MIM 602024) in CLCNKB 11 (MIM 602023), oba pri 1p36.13. Za avtosomno prevladujočo nesindromsko okvaro sluha so narisani trije lokusi: (a) DFNA2A pri 1p34.2 zaradi mutacij gena KCNQ4 12 (MIM 603537), (b) DFNA2B pri 1p34.3 zaradi GJB3 13 (MIM 603324) mutacije in (c) DFNA37 14 pri 1p21, za katere gen ni znan. Zaradi mutacij v genu ESPN 15 (MIM 606351) (slika 1b) je bil identificiran samo DFNB36 pri 1p36, 31. Od teh lokusov se interval DFNB96 delno prekriva z genom ESPN in vsebuje tudi dva gena Bartterjevega sindroma, CLCNKA in CLCNKB . Geni ESPN , CLCNKA in CLCNKB so bili sekvencirani pri poslušanju posameznih III-2 in dveh HI posameznikov, IV-1 in IV-6 (slika 1a). Po sekvenciranju z uporabo BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequiting Kit in Aplikacij Biosystems 3730 DNA analizator (Applied Biosystems, Foster City, Kalifornija, ZDA) ni bilo mogoče najti nobenih potencialno vzročnih variant, ki bi se ločile s HI v družini 4514, s čimer so trije geni izključeni v vzrok za HI v družini 4514. Območje povezave pri 1p36.31 – p36.13 je bilo zato določeno kot interval za novi ARNSHI lokus DFNB96. Identifikacija gena za DFNB96 nam bo zagotovila dodaten vpogled v gensko etiologijo HI.

Informacije o elektronski zbirki podatkov

Do podatkov v tem članku je dostopen naslednji naslov:

Domača stran o dednem izgubi sluha (//hereditaryhearingloss.org)

UCSC brskalnik genom (//genome.ucsc.edu)

OMIM (//www.omim.org).