Revija isme (April 2020)

Transkripcijski in antagonistični odzivi Pseudomonas fluorescens Pf0-1 na filogenetsko različne bakterijske tekmece

Transkripcijski in antagonistični odzivi Pseudomonas fluorescens Pf0-1 na filogenetsko različne bakterijske tekmece

Predmeti Bakterije Ekologija Skupnosti Genska ekspresija Mikrobna ekologija Izvleček Sposobnost talnih bakterij, da uspešno konkurirajo vrstam drugih mikrobnih vrst, je ključnega pomena za njihovo rast in preživetje v okolju, omejenem s hranili. V pričujočem delu smo preučevali vedenje in transkripcijske odzive seva Pseudomonas fluorescens Pf0-1 na agarju, ki je slabo hranil, do soočenja s sevi treh filogenetsko različnih bakterijskih rodov, to je Bacillus , Brevundimonas in Pedobacter . Konkure

Metatranskriptomska analiza avtonomno zbranega in konzerviranega morskega bakterioplanktona

Metatranskriptomska analiza avtonomno zbranega in konzerviranega morskega bakterioplanktona

Predmeti Genska ekspresija Mikrobna biooceanografija Transcriptomics Izvleček Planktonska mikrobna aktivnost in struktura skupnosti je dinamična in se lahko dramatično spremeni v časovnih lestvicah od ur do dni. Zaradi logističnih razlogov je ta časovna lestvica v morskem okolju običajno premalo vzorčena. Da bi

Sestava mikrobne skupnosti v usedlinah se upira motnjam zaradi obogatitve s hranili

Sestava mikrobne skupnosti v usedlinah se upira motnjam zaradi obogatitve s hranili

Predmeti Biotska raznovrstnost Biogeokemija Ekosistemska ekologija Mikrobna ekologija Izvleček Pričakuje se, da bo funkcionalna presežnost bakterijskih skupnosti omogočila mikrobnim skupinam, da preživijo vznemirjenje, in sicer tako, da omogočijo neprekinjenost delovanja kljub kompozicijskim spremembam v skupnostih. Neda

Učinki vzorčnih zdravljenj na obnovitev genoma s pomočjo enocelične genomike

Učinki vzorčnih zdravljenj na obnovitev genoma s pomočjo enocelične genomike

Predmeti Bakterijska genomika Metagenomika Izvleček Enocelična genomika je močno orodje za dostop do genetskih informacij iz nekultiviranih mikroorganizmov. Metode ravnanja z vzorci pred enocelično gensko amplifikacijo lahko vplivajo na kakovost pridobljenih genomov. S tremi bakterijskimi sevi pokažemo, da se v primerjavi s kriokonzervacijo pridobivajo enocelični genomi manj kakovosti, ko se vzorec ohrani v etanolu ali če se vzorec podvrže fluorescenci in situ hibridizaciji, medtem ko konzerviranje vzorca v paraformaldehidu postane popolnoma neprimerno za sekvenciranje. Glavno

Virusi se kopičijo v starajočih se centrih za okužbo glivičnega gozdnega patogena

Virusi se kopičijo v starajočih se centrih za okužbo glivičnega gozdnega patogena

Predmeti Mikrobna ekologija Popravek tega članka je bil objavljen 20. januarja 2015 Ta članek je bil posodobljen Izvleček Za glivične viruse (mikovirusi) z genoma RNA primanjkuje zunajceličnih infektivnih delcev. Ti virusi se prenašajo lateralno med glivičnimi sevi prek micelijskih anastomoz ali navpično preko okuženih spore, vendar je malo znano o njihovi razširjenosti in vzorcih širjenja v naravnih pogojih. Tu smo po

Vrste bogate vrste tintinnidov (morski planktonski protetiki) so strukturirane po velikosti ust

Vrste bogate vrste tintinnidov (morski planktonski protetiki) so strukturirane po velikosti ust

Predmeti Biotska raznovrstnost Mikrobna ekologija Taksonomija Izvleček Številni mikrobni taksoni v morskem planktonu so videti bogato z vrstami. Tukaj ponujamo delno razlago z analizo organiziranosti vrst, pakiranja vrst, tako glede taksonomije kot morfologije. Osredotočili smo se na dobro preučeno skupino tintinnidnih ciliatov mikrozooplanktona, v kateri je krmna ekologija tesno povezana z morfologijo. Pr

Povezanost s površino določa vzorce raznolikosti v podzemnih vodonosnikih Fennoscandijskega ščita

Povezanost s površino določa vzorce raznolikosti v podzemnih vodonosnikih Fennoscandijskega ščita

Predmeti Mikrobne skupnosti Ekološke mreže Mikrobna ekologija Izvirni članek je bil objavljen 29. marca 2016 Popravek v: Revija ISME (2016) 10, XX – XX; doi: 10.1038 / ismej.2016.36 Posodobljeno v spletu, 9. junija 2016: Ta članek je bil prvotno objavljen pod licenco NPG za objavo, zdaj pa je na voljo pod licenco CC BY-NC-ND 4.0. Ra

Podobnosti in sezonske razlike v bakterijskih skupnostih iz krvi glodalcev in njihovih bolhskih vektorjev

Podobnosti in sezonske razlike v bakterijskih skupnostih iz krvi glodalcev in njihovih bolhskih vektorjev

Predmeti Ekologija Skupnosti Izvleček Vektorski mikrobi so podvrženi ekološkim omejitvam dveh ločenih mikrookolin: v členu členonožcev in v krvi gostitelja vretenčarjev. Ker lahko struktura bakterijskih skupnosti v teh dveh mikrookolih bistveno vpliva na številčnost mikrobov, ki jih prenašajo vektorji, je pomembno razumeti odnos med bakterijskimi skupnostmi v obeh mikro okoljih in dejavnike, ki jih oblikujejo. Za primer

Fenologija pelagičnih bakterij z visoko višino: vloge meteorološke spremenljivosti, zajetja in toplotne stratifikacije v strukturiranju skupnosti

Fenologija pelagičnih bakterij z visoko višino: vloge meteorološke spremenljivosti, zajetja in toplotne stratifikacije v strukturiranju skupnosti

Izvleček Mnoge evkariontske skupnosti kažejo predvidljivo sezonskost v sestavi vrst, vendar takšni fenološki vzorci v bakterijskih skupnostih niso dobro dokumentirani. Ta študija je količinsko opredelila sezonsko nihanje sestave bakterioplanktona v visokogorskem jezeru v kalifornijski Sierra Nevadi v triletnem obdobju 2004–2006. Bakter

Prekrivni odzivi, ki jih povzročajo svetloba, povezani z rastjo morskega flavobakterija, okrepljeno s proteorhodopsinom

Prekrivni odzivi, ki jih povzročajo svetloba, povezani z rastjo morskega flavobakterija, okrepljeno s proteorhodopsinom

Predmeti Mikrobna biooceanografija Mikrobna ekologija Fotobiologija Transcriptomics Izvleček Proteorhodopsin (PR) je fotoprotein, ki deluje kot lahka protonska črpalka v različnih morskih bakterijah in arhejah. Nedavne študije kažejo, da lahko PR poveča hitrost rasti in donos nekaterih flavobakterij, če se gojijo v svetlobi, ki omejujejo hranila. Nepos

Korale izločajo bakterije kot potencialni mehanizem odpornosti na obogatitev z organsko snovjo

Korale izločajo bakterije kot potencialni mehanizem odpornosti na obogatitev z organsko snovjo

Izvleček Razumevanje mehanizmov odpornosti koralnih grebenov na antropogene stresorje je ključni korak k ublažitvi njihovega trenutnega svetovnega upada. Združenja koral in bakterij so temeljnega pomena za zdravje in bolezni grebenov, vendar neposredna opažanja teh interakcij ostajajo v glavnem neraziskana. Tu

Diskriminatorno odkrivanje in naštevanje življenjske dobe mikrobov v morskih podzemnih sedimentih

Diskriminatorno odkrivanje in naštevanje življenjske dobe mikrobov v morskih podzemnih sedimentih

Izvleček Zaznavanje in naštevanje mikrobnega življenja v naravnem okolju zagotavljata temeljne podatke o obsegu biosfere na Zemlji. Vendar je že dolgo težko oceniti številčnost mikrobnih celic v sedimentnih habitatih, ker nespecifično vezanje fluorescentnega barvila in / ali avtofluorescenca iz delcev usedlin močno ovira prepoznavanje signalov, pridobljenih iz celic. Tukaj p

Mikroorganizmi obstajajo na rekordnih globinah v podmorju Canterburyjske kotline

Mikroorganizmi obstajajo na rekordnih globinah v podmorju Canterburyjske kotline

Predmeti Biooceanografija Mikrobna ekologija Prvotni članek je bil objavljen 16. januarja 2014 Popravek v: Revija ISME (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10.1038 / ismej.2013.250; objavljeno na spletu 16. januarja 2014 Po objavi tega članka so avtorji opozorili, da je bila pristopna številka študije, ki je bila shranjena v Arhivu za branje zaporedja, izpuščena iz članka. Pristop

Medcelična replikacijska niša za vibrio kolere v ameji Acanthamoeba castellanii

Medcelična replikacijska niša za vibrio kolere v ameji Acanthamoeba castellanii

Predmeti Bakteriologija Vodna mikrobiologija Izvleček Vibrio kolera je človeški patogen in povzročitelj kolere. Obstojnost te bakterije v vodnem okolju je ključna epidemiološka težava, saj se kolera prenaša skozi onesnaženo vodo. Plenilski protetiki, kot so amebe, so glavni regulatorji bakterijske populacije v takšnih okoljih. Zato smo

Bakterijska raznolikost glede na sekundarno proizvodnjo in sukcesijo na površinah alpinarinske hiperboreje alge

Bakterijska raznolikost glede na sekundarno proizvodnjo in sukcesijo na površinah alpinarinske hiperboreje alge

Predmeti Bakterijsko izločanje Biotska raznovrstnost Gozdna ekologija Mikrobna ekologija Izvleček Gozdovi alg po vsem svetu so znani kot žarišča za makroskopsko biotsko raznovrstnost in primarno proizvodnjo, o biotski raznovrstnosti in vlogah mikroorganizmov v teh ekosistemih pa je znano zelo malo. Sek

Raznolikost in funkcionalna analiza luxS genov v Vibriosu iz morskih spužvic Mycale laxissima in Ircinia strobilina

Raznolikost in funkcionalna analiza luxS genov v Vibriosu iz morskih spužvic Mycale laxissima in Ircinia strobilina

Predmeti Biotska raznovrstnost Mikrobna biooceanografija Mikrobna ekologija Simbioza Izvleček Gobice sestavljajo zelo raznolike in goste mikrobne skupnosti, ki zagotavljajo okolje, v katerem je lahko pomembna bakterijska signalizacija. Zaznavanje kvoruma (QS) je signalni postopek, odvisen od gostote celic, ki ga bakterije uporabljajo za koordinacijo in regulacijo genske ekspresije.

Presnova spremenjene Schaedlerjeve flore na sistemski ravni, popolna mikrobiota črevesja

Presnova spremenjene Schaedlerjeve flore na sistemski ravni, popolna mikrobiota črevesja

Predmeti Bakterije Mikrobne skupnosti Izvleček Spremenjena flora Schaedlerja (ASF) je vzorčna mikrobna skupnost, ki je pomembna za in vivo in in vitro . Tu smo dali prvo karakterizacijo skupnosti ASF in vitro , neodvisno od mišjega gostitelja. Primerjali smo funkcionalno genetsko vsebnost ASF z metagenomi divjih mišjih in ugotovili, da ASF funkcionalno predstavlja divje mikrobiome boljše od naključnih konzorcijev s podobno taksonomsko sestavo. Razv

Aktivne heterotrofne bakterije, ki fiksirajo dušik, na in pod hemoklinom v osrednjem Baltskem morju

Aktivne heterotrofne bakterije, ki fiksirajo dušik, na in pod hemoklinom v osrednjem Baltskem morju

Predmeti Biooceanografija Mikrobna ekologija Izvleček Baltsko morje prejema velike vnose dušika s diazotrofnimi (N2-popravljajočimi) heterocistnimi cianobakterijami, vendar pomen heterotrofne fiksacije N2 ni bil raziskan. Tu so preučili raznolikost, številčnost in prepisovanje fragmenta nifH encima nitrogenaze v dveh porečjih Baltskega morja. Fiksa

Fiziološke in evolucijske študije sistemov NAP v Shewanella piezotolerans WP3

Fiziološke in evolucijske študije sistemov NAP v Shewanella piezotolerans WP3

Predmeti Bakterijska evolucija Bakterijski geni Bakterijska fiziologija Izvleček Večina vrst Shewanella vsebuje dve periplazemski nitratni reduktazi (NAP-α in NAP-β), kar je edinstvena značilnost tega rodu. V tej študiji smo fiziološko funkcijo in evolucijski odnos obeh sistemov NAP proučevali pri globokomorski bakteriji Shewanella piezotolerans WP3. Izkaza

Večja raznolikost in številčnost denitrificirajočih mikroorganizmov v okolju, kot je bilo obravnavano prej

Večja raznolikost in številčnost denitrificirajočih mikroorganizmov v okolju, kot je bilo obravnavano prej

Predmeti Mikrobiologija tal Izvleček Denitrifikacija je pomemben proces v svetovnem dušikovem ciklu. Geni, ki kodirajo NirK in NirS ( nirK in nirS ), ki katalizirajo redukcijo nitrita do dušikovega oksida, so bili uporabljeni kot markerski geni za proučevanje ekološkega obnašanja denitrifikatorjev v okolju. Vend

Prostorsko rešeno vzorčenje razkriva dinamične mikrobne skupnosti v naraščajočih hidrotermalnih strugah v porečju zadnjega loka

Prostorsko rešeno vzorčenje razkriva dinamične mikrobne skupnosti v naraščajočih hidrotermalnih strugah v porečju zadnjega loka

Predmeti Biogeokemija Mikrobna ekologija Izvleček Znotraj hidrotermalnih plinov kemosintetski procesi in medsebojno delovanje mikroba in mineralov prinašajo prvotno produktivnost v globokoocenskih živilskih mrežah in lahko vplivajo na prevoz elementov, kot je železo. Vendar pa se izvor mikroorganizmov v pljuvih in dejavniki, ki urejajo način sestavljanja teh skupnosti, slabo razumejo, deloma tudi zaradi pomanjkanja podatkov iz zgodnjih faz nastajanja plutov. V te

Signalno posredovani navzkrižni pogovori modulirajo rojenje in nastajanje biofilma pri koralnem patogenu Serratia marcescens

Signalno posredovani navzkrižni pogovori modulirajo rojenje in nastajanje biofilma pri koralnem patogenu Serratia marcescens

Predmeti Obnašanje živali Bakterije Mikrobna biooceanografija Simbioza Izvleček Interakcije znotraj mikrobnih skupnosti, povezane z morskimi holobiranti, pomembno prispevajo k zdravju teh simbiotskih organizmov, ki jih tvorijo nevretenčarji, dinoflagelati in bakterije. Vendar mehanizmi, ki nadzirajo mikrobioto, povezano z nevretenčarji, še niso popolnoma razumljeni. Hidr

Živalski prostaglandini v morskih mikroalgah

Živalski prostaglandini v morskih mikroalgah

Predmeti Molekularna ekologija Transcriptomics Izvleček Diatomi so med najuspešnejšimi primarnimi proizvajalci v oceanskem in sladkovodnem okolju. Diatomi so izvedeni iz sekundarnega endosimbiotskega dogodka z mešanim genomom, ki vsebuje bakterijske, živalske in rastlinske gene, ki kodirajo metabolične poti, kar lahko predstavlja njihov uspeh v evoluciji. Štud

Zaznamovana sezonskost in velika prostorska spremenljivost protističnih skupnosti v plitvih sladkovodnih sistemih

Zaznamovana sezonskost in velika prostorska spremenljivost protističnih skupnosti v plitvih sladkovodnih sistemih

Predmeti Vodna mikrobiologija Izvleček Majhni evkarioti imajo ključno vlogo v vodnih ekosistemih, vplivajo na njihovo lokalno okolje, globalne biogeokemične cikle in podnebje. Njihov vpliv je odvisen od strukture skupnosti, ki se časovno spreminja. Vendar pa zelo malo raziskav upošteva časovne razlike. To š

Glivične skupnosti iz globokomorskih sedimentov, ki vsebujejo metan hidrate, v Južnokitajskem morju

Glivične skupnosti iz globokomorskih sedimentov, ki vsebujejo metan hidrate, v Južnokitajskem morju

Izvleček Da bi razjasnili raznolikost gliv v morskih sedimentih, ki vsebujejo metan hidrat, v Južnokitajskem morju, smo notranje transkribirane distančnike (ITS) regije rRNA iz petih različnih vzorcev DNK usedlin amplificirali in filogenetsko analizirali. Skupaj je bilo zgrajenih pet knjižnic ITS in 413 kloni, izbrani naključno, z amplificirano analizo ribosomske DNK (ARDRA), ki so bili razvrščeni v 24 restrikcijskih vzorcev. Določe

Visoko strukturirane prokariontske skupnosti obstajajo znotraj okostja kolonij koloratov

Visoko strukturirane prokariontske skupnosti obstajajo znotraj okostja kolonij koloratov

Predmeti Biotska raznovrstnost Okoljska mikrobiologija Mikrobna ekologija Mikrobiom Izvleček Fiziološka uspešnost, razširjenost bolezni in beljenja so pogosto zakrpane znotraj posameznih kolonij kolonije. Na te odzive v veliki meri vplivajo mikrobi, ki so povezani s koralom, toda kako se koralni mikrobiom spreminja na majhnih prostorskih lestvicah, še nikoli ni bil količinsko opredeljen. Opra

Presnovni odtis epifitskih bakterij na listih Arabidopsis thaliana

Presnovni odtis epifitskih bakterij na listih Arabidopsis thaliana

Predmeti Arabidopsis thaliana Metabolomika Mikrobna ekologija Fiziologija rastlin Izvleček Filosfera, ki je opredeljena kot deli kopenskih rastlin nad tlemi, je velik življenjski prostor za različne mikroorganizme, ki kažejo veliko stopnjo prilagodljivosti na svoje okolje. Številne hipoteze so bile ustvarjene s kulturo neodvisnimi študijami funkcionalne genomike, da bi razložili konkurenčnost specializiranih bakterij v filosferi. Naspro

Nenavadna metabolična raznolikost hiperalkalifiličnih mikrobnih skupnosti, povezana s podzemno serpentinizacijo na The Cedars

Nenavadna metabolična raznolikost hiperalkalifiličnih mikrobnih skupnosti, povezana s podzemno serpentinizacijo na The Cedars

Predmeti Biotska raznovrstnost Biogeokemija Izvleček Voda iz izvirov Cedrov, ki se odvajajo iz serpentiniziranih ultramafičnih kamnin, ima zelo bazične (pH = ~ 12), zelo reducirajoče ( E h <–550 mV) pogoje z nizkimi ionskimi koncentracijami. Zaradi teh pogojev so vzmeti izjemno zahtevne za življenje. Tu po

Mixotrofni haptofiti so ključni bakterijski grazerji v oligotrofnih obalnih vodah

Mixotrofni haptofiti so ključni bakterijski grazerji v oligotrofnih obalnih vodah

Predmeti Biooceanografija Mikrobna ekologija Izvleček Ocene hitrosti paše kažejo, da približno polovica bakterije v oligotrofnih oceanih nastane zaradi mešotrofičnih flagelatov (MF). Vendar je večina ocen alg obravnavala kot eno skupino. Tu smo nameravali odpreti črno polje fitoflagelatov (PFs) <20 μm. Haptofi

Stresna toleranca pri rastlinah zaradi simbioze, prilagojene habitatu

Stresna toleranca pri rastlinah zaradi simbioze, prilagojene habitatu

Izvleček Dokazujemo, da domače vrste trave iz obalnih in geotermalnih habitatov potrebujejo simbiotske glivične endofite za sol in toplotno toleranco. Simbiotično podprta stresna toleranca je habitatni pojav, v katerem geotermalni endofiti oddajajo toploto, vendar ne prenašajo soli, in obalni endofiti, ki dajejo sol, vendar ne toplotno toleranco. Ist

Glivična skupnost na razpadajočem listnem leglu je podvržena hitrim spremembam

Glivična skupnost na razpadajočem listnem leglu je podvržena hitrim spremembam

Predmeti Ekosistemska ekologija Gozdna ekologija Gljivična ekologija Izvleček Glive veljajo za primarne razgradnike odmrle rastlinske biomase v kopenskih ekosistemih. Vendar je trenutno znanje o zaporednih spremembah glivičnih skupnosti med razpadom stelje omejeno. Tu smo raziskovali razvoj glivične skupnosti v 24 mesecih razgradnje stelje v zmernem gozdu s prevladujočim Quercus petraea s pomočjo 454-piroaktivacije glivičnega notranjega prepisanega razmika (ITS) regije in cellobiohidrolaze I ( cbhI ) genov, ki kodirajo eksocelulaze. poseb

Bakterije, ki vsebujejo magnetome, živijo kot simbionti školjk

Bakterije, ki vsebujejo magnetome, živijo kot simbionti školjk

Predmeti Metagenomika Simbioza Izvleček Bakterije, ki vsebujejo magnetosome (na beljakovinske nanodelce magnetita ali greigita), so običajne za številne sedimentne habitate, vendar še nikoli niso bile ugotovljene, da bi živele znotraj drugega organizma. Tukaj prikazujemo, da so oktaedrski vključki v zunajcelični simbionti morske školjke Thyasira prim. gouldi

Natančna globinska analiza morskih bakterijskih mrež kaže na širjenje časovnih sprememb navzdol

Natančna globinska analiza morskih bakterijskih mrež kaže na širjenje časovnih sprememb navzdol

Predmeti Mikrobna ekologija Izvleček Menijo, da so interakcije med mikrobi in stratifikacija po globinah pomembna gonilna sila mikrobnih skupnosti, čeprav se o tem, kako se mikrobne zveze razlikujejo med globinami in med njimi, malo ve. Mikrobno skupnost prosto živečih prebivalcev na postaji časovne serije San Pedro Ocean mesečno, desetletje, spremljamo na petih različnih globinah: 5 m, največji sloj globokega klorofila, 150 m, 500 m in 890 m (tik nad morsko dno). Tu uve

Usmerjeno sestavljanje bakterijskega kvoruma

Usmerjeno sestavljanje bakterijskega kvoruma

Predmeti Uporabna mikrobiologija Izvleček Številna poročila so razjasnila mehanizme in posledice zaznavanja bakterijskega kvoruma (QS), molekularnega komunikacijskega sistema, s katerim bakterijske celice naštevajo svojo celično gostoto in organizirajo kolektivno vedenje. V nekaj primerih pa so poročali o številu bakterij, ki kažejo to skupinsko vedenje, bodisi kot koncentracija števila bodisi kot del celote. Na prim

Biološka uporabnost železa v fitoplanktonu: empirični pristop

Biološka uporabnost železa v fitoplanktonu: empirični pristop

Predmeti Biooceanografija Mikrobna ekologija Izvleček Fitoplankton je pogosto omejen z železom v vodnih okoljih. Tu preučujemo biološko razpoložljivost Fe za fitoplankton z analizo vnosa železa iz različnih Fe substratov za več vrst fitoplanktona, ki se gojijo v pogojih omejevanja Fe, in primerjamo izmerjene konstante hitrosti vnosa / Fe / koncentracija substrata). Kadar

Antagonizem vpliva na sestavljanje ceha Bacillus v lokalni skupnosti in je prikazan kot mreža prehranskih verig

Antagonizem vpliva na sestavljanje ceha Bacillus v lokalni skupnosti in je prikazan kot mreža prehranskih verig

Predmeti Bakterije Prehrambene mreže Izvleček Razumevanje načel, ki urejajo skupščine skupnosti, je osrednji cilj ekologije. V naravnih okoljih je omejenih eksperimentalnih dokazov, ki kažejo, da na sestavljanje mikrobov v skupnostih vplivajo antagonistične interakcije. Zato smo analizirali antagonizem med bakterijskimi izolati iz taksonomsko sorodnega bakterijskega ceha, pridobljenega s petih rastišč v sedimentih iz sistema sladke vode. Hipotet

Primerjalna genomika dveh ekotipov morskega planktonskega copiotrofa Alteromonas macleodii kaže na alternativne načine življenja, povezane z različnimi vrstami organskih snovi v delcih

Primerjalna genomika dveh ekotipov morskega planktonskega copiotrofa Alteromonas macleodii kaže na alternativne načine življenja, povezane z različnimi vrstami organskih snovi v delcih

Izvleček Alteromonas macleodii je običajna morska heterotrofna γ-proteobakterija. Izolirajo se iz tega mikroba v molekularni analizi z dvema glavnima genotipskima skupinama ali ekotipom, in sicer v zmernih zemljepisnih širinah zgornjega vodnega stolpca, drugega pa v globokem vodnem stolpu Sredozemlja. Tu

Proizvajalci rizobitoksina v simbiozi pridobijo več poli-3-hidroksibutirata kot konkurenčni rizobiji, vendar zmanjšajo rast rastlin

Proizvajalci rizobitoksina v simbiozi pridobijo več poli-3-hidroksibutirata kot konkurenčni rizobiji, vendar zmanjšajo rast rastlin

Izvleček Sankcije stročnic proti rizobiji, ki pritrjujejo manj dušika, bi morale močno izbirati za bolj koristne genotipe rizobije, vendar so sevi, ki zagotavljajo malo gostiteljske koristi, pogosti. Eden od razlogov je lahko, da nekatere rizobije kemično manipulirajo z gostiteljem, kar spodkopava učinkovitost sankcij. Tuka

Kemična razpršila povečajo aktivnost morskih bakterij, ki razgrajujejo oljni in plinski kondenzat

Kemična razpršila povečajo aktivnost morskih bakterij, ki razgrajujejo oljni in plinski kondenzat

Predmeti Metagenomika Mikrobna ekologija Naslednje generacije Transcriptomics Izvleček Uporaba kemičnih razpršilcev za razlitje nafte v morskem okolju je običajna praksa za razprševanje olja v vodnem stolpcu in spodbujanje biološke razgradnje olja s povečanjem njegove biološke uporabnosti za avtohtone bakterije, ki lahko naravno presnavljajo ogljikovodike. V okvi

Aktivne bakterije v nuklearnem ledu, ki nastanejo v padavinah, so genetsko raznolike in razgradijo led z uporabo različnih mehanizmov

Aktivne bakterije v nuklearnem ledu, ki nastanejo v padavinah, so genetsko raznolike in razgradijo led z uporabo različnih mehanizmov

Predmeti Zračna mikrobiologija Bakteriologija Biotska raznovrstnost Izvleček Naraščajoče število naključnih dokazov kaže, da aktivne bakterije v nuklearnem ledu (Ice + ) prispevajo k sprožanju padavin s heterolognim zamrzovanjem super ohlajene vode v oblakih. O koncentraciji ledu + bakterij v padavinah, njihovi genetski in fenotipični raznolikosti in njihovem razmerju do zračne mase in kemije padavin je malo znanega. V tej štu

Okužba z Yersinia pestis in laboratorijski pogoji spreminjajo bakterijske skupnosti, povezane z bolhami

Okužba z Yersinia pestis in laboratorijski pogoji spreminjajo bakterijske skupnosti, povezane z bolhami

Predmeti Odziv gostiteljskega bakterija Bakterijska okužba Mikrobna ekologija Izvleček Nabrali smo Oropsylla montana iz kamnitih veveric, Spermophilus varigatus in okužili podskupino zbranih bolh z Yersinia pestis , etiološkim povzročiteljem kuge. Za opis bakterijskih skupnosti divjih, neokuženih nadzorov in okuženih bolh smo uporabili piroakcijsko analizo DNK s piko na dnu. Bakte

Značilnosti genoma generalizirane morske bakterije

Značilnosti genoma generalizirane morske bakterije

Predmeti Evolucijska ekologija Morska mikrobiologija Filogenomija Izvleček Člani morske roseobacterjeve rodu so bili označeni za ekološke splošne strokovnjake, kar kaže na to, da bodo imeli težave, ko bodo taksonu dodelili dobro razmejene ekološke vloge in biogeokemične funkcije. Za reševanje tega vprašanja smo analizirali genske sekvence 32 Roseobacter izolatov na vzorce značilnosti genoma, popis genov in posamezno porazdelitev genov / poti z uporabo treh napovednih okvirov: filogenetske sorodnosti, strategije življenjskega sloga in okoljskega izvora izolata. Za prvi okv

Raznolikost protetikov in bakterij določa uspešnost plenilstva in stabilnost

Raznolikost protetikov in bakterij določa uspešnost plenilstva in stabilnost

Predmeti Bakterije Prehrambene mreže Mikrobna ekologija Izvleček Predation vpliva na raznolikost in produktivnost plena, hkrati pa vpliva na tok in prerazporeditev organskih hranil v biomaso pri višjih trofičnih ravneh. Ni pa znano, kako na raznolikost svojih bakterijskih plenov vplivajo bakterijski protisti. Z

Fenotipska plastičnost v heterotrofnih morskih mikrobnih skupnostih v neprekinjenih kulturah

Fenotipska plastičnost v heterotrofnih morskih mikrobnih skupnostih v neprekinjenih kulturah

Predmeti Mikrobna ekologija Izvleček Fenotipska plastičnost (PP) je razvoj nadomestnih fenotipov določenega taksona kot prilagoditev okoljskim razmeram. Metodološke omejitve so količinsko določanje PP omejile na merjenje nekaj lastnosti v posameznih organizmih. Za premostitev teh izzivov smo uporabili metatranskriptomske knjižnice in ocenili PP z izraženimi geni več heterotrofnih organizmov kot posrednikom za lastnosti v mikrobni skupnosti. Metatra

Koncept virocell in mikrobiologija okolja

Koncept virocell in mikrobiologija okolja

Predmeti Okoljska mikrobiologija Virologija Velika vrnitev virusa Številčenje virusnih delcev v okoljskih vzorcih s fluorescentno elektronsko mikroskopijo in prenosno elektronsko mikroskopijo je nakazovalo, da virusi predstavljajo najpogostejše biološke entitete na našem planetu. Poleg tega so metagenomske analize, ki se osredotočajo na viruse (viromi), pokazale, da so virusni genomi velik rezervoar nove genetske raznolikosti (Kristensen in sod., 201

Številčnost, sestava, raznolikost in novost talnih proteobakterij

Številčnost, sestava, raznolikost in novost talnih proteobakterij

Izvleček Raziskave majhnih podenot (16S) rRNA, ki generirajo blizu klonov rRNA v celotni dolžini 16S, nudijo edinstveno priložnost za poglobljeno filogenetsko analizo, da se poudari širina raznolikosti različnih glavnih bakterijskih phyla, ki se srečujejo v tleh. Ta študija ponuja podrobno filogenetsko analizo klonov, ki pripadajo proteobakterijam, identificiranih iz 13 001 skoraj celih dolžin genskih klonov 16S rRNA, pridobljenih iz visoko-travnih prerijskih tal v Oklahomi. Proteo

Povezave med rastlinskimi in glivičnimi skupnostmi, ki so posledica krčenja gozdov v amazonskem pragozdu

Povezave med rastlinskimi in glivičnimi skupnostmi, ki so posledica krčenja gozdov v amazonskem pragozdu

Predmeti Biotska raznovrstnost Ekologija Skupnosti Gljivična ekologija Ekologija rastlin Popravek tega članka je bil objavljen 24. junija 2014 Ta članek je bil posodobljen Izvleček Razumevanje interakcij med mikrobnimi skupnostmi, rastlinskimi skupnostmi in lastnostmi tal po krčenju gozdov bi lahko dalo vpogled v dolgoročne učinke sprememb rabe zemljišč na funkcije ekosistema in lahko pomagalo določiti pristope, ki spodbujajo obnovo degradiranih območij. Za ocenje

Nepričakovane genomske značilnosti pri razširjenih medceličnih bakterijah: dokaz o gibljivosti morskih klamidij

Nepričakovane genomske značilnosti pri razširjenih medceličnih bakterijah: dokaz o gibljivosti morskih klamidij

Predmeti Bakterijska evolucija Bakterijska genomika Simbioza Izvleček Chlamydiae so obligate znotrajcelične bakterije, ki vsebujejo pomembne človeške patogene in simbionte proteistov. Molekularni dokazi kažejo na veliko raznolikost klamidij, zlasti v morskih okoljih, vendar naše trenutno znanje temelji predvsem na kopenskih predstavnikih. Tuka

Genomski vpogled v SAR86, obilna in nekultivirana morska bakterijska linija

Genomski vpogled v SAR86, obilna in nekultivirana morska bakterijska linija

Izvleček Bakterije v klasu 16S rRNA SAR86 so med najštevilčnejšimi nekultiviranimi sestavinami mikrobov v površinskem oceanu, za katere je trenutno na voljo malo informacij o genomih. Bioinformatske tehnike so bile uporabljene za sestavljanje dveh skoraj popolnih genomov iz morskih metagenomov, enocelično sekvenciranje pa je omogočilo še dva delna genoma. Začete

Gobice, specifične za gobo, so razširjene (vendar redke) v različnih morskih okoljih

Gobice, specifične za gobo, so razširjene (vendar redke) v različnih morskih okoljih

Predmeti Biotska raznovrstnost Morska mikrobiologija Izvleček Številne študije so poročale o obstoju gensko zaporednih gensko zaporednih 16S ribosomskih RNA (rRNA), ki predstavljajo bakterije, ki jih najdemo v gobicah, vendar jih v drugih okoljih, kot je morska voda, ne odkrijemo. Pojav tehnologij globokega zaporedja nam omogoča, da preučimo redko mikrobno biosfero, da ugotovimo, ali so te bakterije resnično specifične gobice ali so bolj razširjene, vendar le v številčnosti pod mejo zaznavanja običajnih molekulskih pristopov. Pregledali

In situ izražanje evkariontskih beljakovin, ki vežejo led, v mikrobnih skupnostih arktičnega in antarktičnega morskega ledu

In situ izražanje evkariontskih beljakovin, ki vežejo led, v mikrobnih skupnostih arktičnega in antarktičnega morskega ledu

Predmeti Mikrobne skupnosti Zaporedje Vodna mikrobiologija Izvleček Ledinsko vezavne beljakovine (IBP) so bile izolirane iz različnih organizmov z morskim ledom. Njihova karakterizacija kaže na ključno vlogo pri zaščiti organizmov v ničelnih okoljih. Njihova številčnost in raznolikost in situ v naravnih morskih ledenih mikrobnih skupnostih pa je večinoma neznana. V tej ra

Evolucijska analiza racionalizirane linije površinskih oceanskih roseobacterjev

Evolucijska analiza racionalizirane linije površinskih oceanskih roseobacterjev

Predmeti Bakterijska genomika Morska mikrobiologija Filogenetika Izvleček Velika večina bakterij površinskih oceanov ni gojenih. V primerjavi s svojimi gojenimi sorodniki pogosto kažejo racionaliziran genom, zmanjšano vsebnost G + C in izrazit genski repertoar. Te genomske lastnosti so pomembne za prilagajanje okolju in na splošno velja, da se z izbiro določijo v morskih bakterijskih populacijah. S pom

Diferencialni prispevki oksidantov amonijaka in nitritnih oksidantov k nitrifikaciji na štirih neoluščenih tleh

Diferencialni prispevki oksidantov amonijaka in nitritnih oksidantov k nitrifikaciji na štirih neoluščenih tleh

Predmeti Mikrobiologija tal Izvleček Za riževa polja so značilne redne poplave in gnojenje z dušikom, vendar funkcionalni pomen aerobnih oksidantov amonijaka in nitritnih oksidatorjev pod edinstvenim kmetijskim upravljanjem slabo razume. V tej raziskavi poročamo o različnih prispevkih arhej, ki oksidirajo amoniak (AOA), bakterij (AOB) in nitrit oksidirajočih bakterij (NOB) k nitrifikaciji na štirih neoluščenih tleh iz različnih geografskih regij (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) in Jia-Xing (JX)), ki so reprezentativni za riževe ekosisteme na Kitajskem. V mikrokoz

Biotsko raznovrstnost bentoskih mikrobnih skupnosti v bioturbiranih obalnih sedimentih nadzorujejo geokemični mikroniki

Biotsko raznovrstnost bentoskih mikrobnih skupnosti v bioturbiranih obalnih sedimentih nadzorujejo geokemični mikroniki

Izvleček Uporabili smo kombinacijo terenskih in laboratorijskih pristopov, da bi obravnavali, kako bioturbacijska aktivnost dveh rakov, kozice Neotrypaea californiensis in škrlatnega raka Uca crenulata vpliva na mikrobno raznolikost na morskem dnu obalne lagune (pristanišče Catalina, otok Santa Catalina, CA, ZDA). Za

Redki klon fosmida SAR11, ki potrjuje gensko spremenljivost v genomu „Candidatus Pelagibacter ubique“

Redki klon fosmida SAR11, ki potrjuje gensko spremenljivost v genomu „Candidatus Pelagibacter ubique“

Izvleček Analiza zaporedja je opisana klonom fosmida iz obalne morske metagenomske knjižnice, ki vsebuje 16S rRNA gen z visoko podobnostjo zaporedja kot pri bakteriji SAR11 "Candidatus Pelagibacter ubique" HTCC1062. Zaporedje fosmidnega klona je bilo v dolžini 32 086 bp in je vsebovalo 23 187 bp hiper-spremenljive regije 2 (HVR2), ki je prisotna v genomu Cand . P

Genska rekonstrukcija več rodov nekulturnih bentoških arhej kaže na različne biogeokemične vloge in ekološke niše

Genska rekonstrukcija več rodov nekulturnih bentoških arhej kaže na različne biogeokemične vloge in ekološke niše

Predmeti Archaea Okoljska mikrobiologija Mikrobna ekologija Popravek tega članka je bil objavljen 21. marca 2017 Izvleček Genomske koše, ki pripadajo več arhealnim rodovom, so bile odstranjene iz različnih redoks režimov v usedlinah reke Beli hrast. Rekonstruirani arhealni genomi so bili opredeljeni kot pripadniki podskupini riževih grozdov III in V (RC-III, RC-V), morski bentoški skupini D (MBG-D) in na novo opisan arhejski razred, Theionarchaea. Presno

Občutljiva fiksacija CO2 z majhnimi prizmiozofiti v subtropskem in tropskem severovzhodnem Atlantskem oceanu

Občutljiva fiksacija CO2 z majhnimi prizmiozofiti v subtropskem in tropskem severovzhodnem Atlantskem oceanu

Predmeti Mikrobna biooceanografija Mikrobna ekologija Prvotni članek je bil objavljen 15. aprila 2010 Popravek v: Revija ISME (2010) 4 , 1180–1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Od objave tega članka so avtorji opazili, da so enote za fiksacijo CO 2, specifične za biomaso, napačne (na primer v tabeli 2 in na sliki 4). Enot

Kompost iz grozdnih tropin skriva organohalidne vrste Dehalogenimonas z novimi reduktivnimi geni dehalogenaze

Kompost iz grozdnih tropin skriva organohalidne vrste Dehalogenimonas z novimi reduktivnimi geni dehalogenaze

Predmeti Uporabna mikrobiologija Sanacija onesnaževanja Mikrobiologija tal Izvleček Organohalidne bakterije imajo ključno vlogo v naravnem klorovem ciklu; vendar večina sedanjega znanja temelji na kulturah iz onesnaženega okolja. Dokazujemo, da kompost iz grozdnih tropin brez predhodne izpostavljenosti kloriranim topilom skriva vrsto Dehalogenimonas ( Dhgm ), ki lahko uporablja klorirane etene, vključno s kancerogenom za človeka in običajnim onesnaževalcem podtalne vode, vinil kloridom (VC) kot sprejemalci elektronov. Mikroko

Alkalna fosfataza PhoX je v morskih bakterijah bolj razširjena kot klasična PhoA

Alkalna fosfataza PhoX je v morskih bakterijah bolj razširjena kot klasična PhoA

Izvleček Fosfor (P) je bistveno hranilo za vse žive organizme in lahko nadzoruje rast bakterij v oceanu. Bakterije povzročajo alkalne fosfataze, kadar anorganski fosfat (P i ) ne zadostuje za izpolnjevanje njihovih P-zahtev, zato so bile za oceno P-stanja mikrobnih sestavov uporabljene meritve obsega alkalne fosfataze. V

Odpornost podzemnih ekosistemov: dolgotrajno slabljenje podzemnih onesnaževalcev podpira dinamično skupnost mikrobov

Odpornost podzemnih ekosistemov: dolgotrajno slabljenje podzemnih onesnaževalcev podpira dinamično skupnost mikrobov

Izvleček Nagnjenost, da se ekosistemi podzemne vode opomorejo pred onesnaženjem z organskimi kemikalijami (v tem primeru odpadki iz premogovega katrana), so ključnega pomena za znanstvenike in inženirje, ki upravljajo z onesnaženimi območji. Procesi čiščenja z mikrobi, ki jih posredujejo, so zanimivi tudi za ekologe, saj so pomemben mehanizem za odpornost ekosistemov. V tej š

Razdelitev virov v zvezi s sobivanjem vrst Lactobacillus v mišjem gozdarju

Razdelitev virov v zvezi s sobivanjem vrst Lactobacillus v mišjem gozdarju

Izvleček Filogenetska analiza črevesnih skupnosti vretenčarjev je napredna, vendar razmerja, zlasti na trofični ravni, med komentarji, ki si delijo črevesne habitate monogastričnih živali, v nobeni meri niso raziskani. Lactobacillus reuteri seva 100–23 in Lactobacillus johnsonii seva 100–33 sočasno v gozdu miši. Po načelu i

Vpogled v metabolizem, življenjski slog in domnevno evolucijsko zgodovino nove arheološke zbirke "Diapherotrites"

Vpogled v metabolizem, življenjski slog in domnevno evolucijsko zgodovino nove arheološke zbirke "Diapherotrites"

Predmeti Arhealna genomika Izvleček Pred kratkim je bil predlagan arhealni phill Diapherotrites, ki temelji na filogenomski analizi genomov, pridobljenih iz podzemne tekoče vode v zapuščenem rudniku zlata (rudnik Homestake v Lead, SD, ZDA). Tukaj predstavljamo podrobno analizo metaboličnih sposobnosti in genskih značilnosti treh posameznih ojačanih genomov (SAG), ki pripadajo "Diapherotrites". Najpo

Visoke stopnje denitrifikacije in odstranjevanja nitratov v hladnih usedlinah

Visoke stopnje denitrifikacije in odstranjevanja nitratov v hladnih usedlinah

Predmeti Biofilmi Biogeokemija Mikrobna biooceanografija Izvleček Izmerili smo hitrost denitrifikacije in odstranjevanja nitratov v hladnih usedlinah iz Mehiškega zaliva. Heterotrofične potencialne stopnje denitrifikacije so bile preizkušene v inkubacijah časovnih vrst. Na površinskih sedimentih, ki jih naseljuje Beggiatoa, so bile višje stopnje heterotrofne potenciale denitrifikacije (32 μN MN je zmanjšana na dan -1 ) kot globlje sedimenti (11 μ MN dan 1-1 ). Stopnja

Motnje prenosa ogljikovega ogljika v gozdni humus spodbujajo glivične oportuniste na račun mikoriznih gliv

Motnje prenosa ogljikovega ogljika v gozdni humus spodbujajo glivične oportuniste na račun mikoriznih gliv

Predmeti Gozdna ekologija Gljivična ekologija Izvleček Ektomikorizne glive prevladujejo v humusnih plasteh borealnih gozdov. Odvisni so od ogljikovih hidratov, ki se prenašajo skozi korenine, preko glivičnega micelija do mikrositov v tleh, kjer se hranijo za hranila. Mikorizne glive so zato občutljive na moteče motnje, ki lahko omejijo njihovo oskrbo z ogljikom. Z mo

Habitatski stres sproži spremembe v sestavi, izmenjavi CO2 in razporejanju C kot življenjske lastnosti v bioloških talnih skorjah

Habitatski stres sproži spremembe v sestavi, izmenjavi CO2 in razporejanju C kot življenjske lastnosti v bioloških talnih skorjah

Predmeti Ekofiziologija Mikrobiologija tal Izvleček Biološke zemeljske skorje (BSC) so prevladujoča funkcionalna vegetacijska enota v nekaterih najbolj ostrih habitatih na svetu. Ocenili smo odziv BSC na stres s spremembami biotske sestave, izmenjave CO 2 in dodeljevanja ogljika v treh BSC, ki prevladujejo lišaje, iz habitatov z različnimi stopnjami stresa, na dveh skrajnih območjih na Antarktiki in enem zmernem rastišču v Nemčiji. Največj

Mikrobi, ki se hranijo z metanom, kažejo različno dinamiko skupnosti in natančno določene taksone, ki so vključeni v odziv skupnosti

Mikrobi, ki se hranijo z metanom, kažejo različno dinamiko skupnosti in natančno določene taksone, ki so vključeni v odziv skupnosti

Predmeti Vodna mikrobiologija Izvleček Poročamo o opazovanju dinamike bakterijskih skupnosti kot odziva na dražitev metana v laboratorijskih inkubacijah mikrokozmosa, pripravljenih z vzorci usedlin v jezerih. Najprej smo izmerili taksonomske sestave kultur dolgotrajne obogatitve in ugotovili, da so te kulture, čeprav prevladujejo vrste Methylococcaceae , vsebovale tudi spremljevalne vrste, ki pripadajo omejenemu številu bakterijskih taksonov, metilotrofov in ne-metilotrofov. Nat

Naravna privlačnost vonja med mlečnokislinskimi bakterijami in ogorčicami Caenorhabditis elegans

Naravna privlačnost vonja med mlečnokislinskimi bakterijami in ogorčicami Caenorhabditis elegans

Predmeti Molekularna ekologija Izvleček Plenilci živali lahko lovijo plen s svojim občutkom vonja. Bakteriovorozna ogorčica Caenorhabditis elegans uporablja občutljive vonjalne senzorične nevrone, ki izražajo vonjave, podobne vretenčarjem, za lociranje bakterij. C. elegans kaže na vedenje, povezano z vonjem, kot so privlačnost, odbojnost in prilagajanje, vendar ekološki pomen teh vedenj ni znan. S kombina

Metatranskriptomske analize klorofototrofov vroče vrelec mikrobne preproge

Metatranskriptomske analize klorofototrofov vroče vrelec mikrobne preproge

Predmeti Ekofiziologija Mikrobna ekologija Fotosinteza Transcriptomics Izvleček Fototrofična mikrobna mat skupina Mushroom Spring, alkalno silicijevega vročega vira v nacionalnem parku Yellowstone, je bila raziskana z metatranskriptomskimi metodami. RNK smo odvzeli iz vzorcev mat, zbranih v štirih časovnih točkah med prehodi svetlobe proti temi in temni svetlobi v enem ciklu diel, te vzorce RNA pa smo analizirali s tehnologijo piroviziranja in SOLiD. Za o

Mikrobiom koralne površinske sluzi ima ključno vlogo pri posredovanju zdravja holobiontov in preživetju ob motnjah

Mikrobiom koralne površinske sluzi ima ključno vlogo pri posredovanju zdravja holobiontov in preživetju ob motnjah

Predmeti Mikrobna ekologija Izvleček Mikrobi so dobro prepoznani člani koralnega holobionta. Vendar pa je malo znano o kratkotrajni dinamiki mikrobnih skupnosti, povezanih s sluzom, v naravnih pogojih in po motnjah ter o tem, kako se ta dinamika nanaša na zdravje gostitelja. Tu smo preučili naravno spremenljivost prokariotskih skupnosti (na osnovi 16S ribosomalnega RNK amplikonskega zaporedja), povezanih s površinsko sluzno plastjo (SML) Porites astreoides, vrste, ki kaže ciklično staranje in odvajanje sluzi. Sprem

Hydrogenase Chip: ploščicna oligonukleotidna DNA mikroračunska tehnika za karakterizacijo mikrobov, ki proizvajajo vodik in trošijo mikrobe v mikrobnih skupnostih

Hydrogenase Chip: ploščicna oligonukleotidna DNA mikroračunska tehnika za karakterizacijo mikrobov, ki proizvajajo vodik in trošijo mikrobe v mikrobnih skupnostih

Izvleček Razvili smo obsežno metodo za identifikacijo ključnih mikroorganizmov, ki proizvajajo in porabljajo vodik, z analizo vsebnosti in izražanja hidrogenaznih genov v kompleksnih anaerobnih mikrobnih skupnostih. Metoda temelji na ploščici hidrogenaznega gena za oligonukleotidno gliko (hidrogenazni čip), ki izvaja veliko število sond na gen z vezanjem sondskih sekvenc v genih, ki jih zanimajo, pri pokritju 1, 67 × -2 ×. Ta zasno

Sinbiotični pristop obnovi črevesno homeostazo in podaljša preživetje pri levkemičnih miših s kaheksijo

Sinbiotični pristop obnovi črevesno homeostazo in podaljša preživetje pri levkemičnih miših s kaheksijo

Predmeti Črevesne bolezni Mikrobiom Izvleček Rak kaheksija je multifaktorski sindrom, ki vključuje zapravljanje mišic in vnetje. Ker mikrobi črevesja vplivajo na imuniteto in metabolizem gostitelja, smo raziskovali vlogo mikrobiote črevesja pri terapevtskem zdravljenju raka in pridružene kaheksije. Skupn

Evolucijska konvergenca v eksperimentalnih populacijah Pseudomonas

Evolucijska konvergenca v eksperimentalnih populacijah Pseudomonas

Predmeti Bakterijska genetika Biofilmi Evolucija Izvleček Modelni mikrobni sistemi omogočajo razumevanje genetskih podlag ekoloških lastnosti, njihovega razvoja, regulacije in prispevkov o telesni pripravljenosti. Eksperimentalne populacije Pseudomonas fluorescens se hitro razhajajo v prostorsko strukturiranih mikrokozmosih, ki proizvajajo vrsto površinsko kolonizacijskih oblik. Kl

Ujemite me, če lahko: razprševanje in krmljenje Bdellovibrio bakteriovorus 109J ob miceliji

Ujemite me, če lahko: razprševanje in krmljenje Bdellovibrio bakteriovorus 109J ob miceliji

Predmeti Mikrobne skupnosti Okoljska mikrobiologija Izvleček Da bi se spoprijele s heterogenim okoljem in porazdelitvijo virov, so nitaste glive razvile prostorsko obsežno rast, ki je omogočila njihovim hifam, da prodrejo v vmesnike zrak-voda in preidejo skozi pore, polne z zrakom. Takšne micelije so znane tudi kot razpršilne mreže za mobilizacijo bakterij ("glivične ceste") in povezavo mikrobioloških mikrohabitov. O vpli

Membranski vezikli v naravnem okolju: glavni izziv v virusni ekologiji

Membranski vezikli v naravnem okolju: glavni izziv v virusni ekologiji

Predmeti Mikrobna ekologija Virologija Proizvodnja zunajceličnih membranskih veziklov (v nadaljnjem besedilu MV) je univerzalna celična lastnost, skupna trem življenjskim področjem (Deatherage in Cookson, 2012). Zlasti desetletja je znano, da bakterije, vključno z morskimi vrstami, proizvajajo MV v laboratoriju, pa tudi v biofilmih ali med okužbami (Schooling in Beveridge, 2006; Deatherage and Cookson, 2012). Vend

Hladna prilagoditev, ki jo uravnava kriptična eksfazija profaga v Shewanella oneidensis

Hladna prilagoditev, ki jo uravnava kriptična eksfazija profaga v Shewanella oneidensis

Predmeti Okoljska mikrobiologija Mikrobna ekologija Izvleček Med okoljskimi obremenitvami, ki jih doživljajo bakterije, so najpomembnejši temperaturni premiki. V tej raziskavi smo odkrili nov mehanizem prilagajanja prehlada pri Shewanella oneidensis, ki se pojavi na ravni DNK in je urejen s kriptično ekscizijo profaga. Pr

Acetoclastic Methanosaeta so prevladujoči metanogeni v organskih bogatih antarktičnih morskih sedimentih

Acetoclastic Methanosaeta so prevladujoči metanogeni v organskih bogatih antarktičnih morskih sedimentih

Predmeti Biogeokemija Izvleček Kljub temu, da predstavlja večino usedalnega metana, fiziologija in relativno številčnost podzemnih metanogenov ostajata slabo razumljena. Kombinirali smo nepoškodovane polarne lipidne in metagenomske tehnike, da bi bolje omejili prisotnost in funkcije metanogenov v zelo reducirajočih, organsko bogatih usedlinah Antarktike v porečju Adélie. Skuplj

Eksopolisaharidni mikrokanali usmerjajo bakterijsko gibljivost in organizirajo večcelično vedenje

Eksopolisaharidni mikrokanali usmerjajo bakterijsko gibljivost in organizirajo večcelično vedenje

Predmeti Mikrobne skupnosti Izvleček Miksobakterije so družina bakterij v tleh, ki tvorijo biofilme kompleksne arhitekture, poravnane večplastne roje ali plodne telesne strukture, ki so preprosti ali razvejani agregati, ki vsebujejo miksospore. Tu smo preučili strukturno vlogo matričnega eksopolisaharida (EPS) pri organizaciji teh bakterijskih celic na površini. Z up

Dinamika prenosa nastajajoče nalezljive bolezni v prostoživečih živalih skozi reproduktivne cikle gostitelja

Dinamika prenosa nastajajoče nalezljive bolezni v prostoživečih živalih skozi reproduktivne cikle gostitelja

Predmeti Reja živali Virusna infekcija Prenos virusov Izvleček Pojavljajoče se nalezljive bolezni so velike grožnje populaciji prostoživečih živali. Da bi izboljšali svoje razumevanje dinamike teh bolezni, smo raziskovali, kako reproduktivno vedenje gostiteljev in sezonsko nihanje temperature poganjata prenos okužb med divjimi gostitelji, z uporabo vzorčnega sistema bolezni ciprinidnega herpesvirusa 3 (CyHV-3) pri običajnem krapu. Naše glav

Preoblikovanje bakterijskih transkriptov med zaporedno sokulturo z morskim dinoflagelatom in diatomom

Preoblikovanje bakterijskih transkriptov med zaporedno sokulturo z morskim dinoflagelatom in diatomom

Predmeti Biooceanografija Mikrobna ekologija Izvleček V vlogi primarnih proizvajalcev morski fitoplankton modulira heterotrofne bakterijske aktivnosti s pomočjo razlik v vrstah in količinah organske snovi, ki jo sproščajo. Ta študija preučuje transkripcijski odziv bakterije Ruegeria pomeroyi , člana rodu Roseobacter , za katerega je znano, da se povezuje z različnimi skupinami fitoplanktona v oceanu med premikom taksonomije fitoplanktona. Bakteri

Metagenomija, usmerjena proti genu, razkriva široko raznolikost genov aromatske dioksigenaze v okolju

Metagenomija, usmerjena proti genu, razkriva široko raznolikost genov aromatske dioksigenaze v okolju

Izvleček Razumevanje povezave med gensko raznolikostjo in funkcijo za pomembne okoljske procese je glavni ekološki cilj raziskovanja. Za genske aromatične dioksigenaze smo uporabili gensko usmerjeno metagenomijo in pirocesijo, da smo dosegli večjo globino zaporedja, kot je mogoče z drugimi metodami. Nab

Raziskovanje nukleo-citoplazemskih virusov velike DNA v mikrobnih metagenomeh Tara Oceans

Raziskovanje nukleo-citoplazemskih virusov velike DNA v mikrobnih metagenomeh Tara Oceans

Predmeti Metagenomika Mikrobna biooceanografija Izvleček Nucleo-citoplazmatski veliki virusi DNA (NCLDV) sestavljajo skupino evkariontskih virusov, ki imajo lahko ključno ekološko vlogo v morju s pospeševanjem prometa njihovih enoceličnih gostiteljev ali s povzročanjem bolezni pri živalih. Za boljšo karakterizacijo raznolikosti, številčnosti in biogeografije morskih NCLDV smo analizirali 17 metagenomov, pridobljenih iz mikrobnih vzorcev (velikosti 0, 2–1, 6 µm), zbranih med ekspedicijo Tarskega oceana. Vbor vzorce

Ujemanje najbolj iskanih taksonov z medsektorskimi korelacijami

Ujemanje najbolj iskanih taksonov z medsektorskimi korelacijami

Predmeti Uporabna mikrobiologija Metagenomika Izvleček Human Microbiome Project (HMP) je identificiral 16S rRNA sekvence 'najbolj iskanih' taksonov - razširjene v mikrobioti zdravega človeka, vendar oddaljene od prej znanih sekvenc. Od leta 2012 je bilo nekaj ustreznih genomov izoliranih in sekvenciranih, in to samo z naprednimi tehnikami izolacije. D

Evolucija metabolične razhajanja med Pseudomonas aeruginosa med dolgotrajno okužbo olajša protokoperativno medvrstno interakcijo

Evolucija metabolične razhajanja med Pseudomonas aeruginosa med dolgotrajno okužbo olajša protokoperativno medvrstno interakcijo

Predmeti Mikrobna ekologija Izvleček Vpliv polimikrobnih interakcij na fiziologijo patogenov in kako lahko deluje bodisi za omejevanje kolonizacije patogenov bodisi za potenciranje širjenja in virulentnosti patogenov, ni dobro razumljen. Pseudomonas aeruginosa in Staphylococcus aureus sta oportunistična patogena, ki ju običajno najdemo skupaj pri polimikrobnih okužbah ljudi. Ven

Zgodnje koloniziranje Escherichia coli povzroča preoblikovanje epitelija kolonije podgan, ki se preusmeri v novo homeostatsko stanje

Zgodnje koloniziranje Escherichia coli povzroča preoblikovanje epitelija kolonije podgan, ki se preusmeri v novo homeostatsko stanje

Predmeti Debelo črevo Mikrobiota Izvleček Raziskali smo učinke zgodnjih kolonizirajočih bakterij na epitelij debelega črevesa. Iz črevesne vsebnosti podganjih dojil smo izolirali prevladujoče bakterije, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium unecuum in novo Fusobacterium spp. In ji

Hranilni režim uravnava uporabo kompleksnega transkripcijskega začetnega mesta znotraj genskega grozda Pseudoalteromonas himinaza

Hranilni režim uravnava uporabo kompleksnega transkripcijskega začetnega mesta znotraj genskega grozda Pseudoalteromonas himinaza

Izvleček Gitna gitina gitine morske bakterije Pseudoalteromonas sp. S91, chiABC , ki proizvaja glavne hitinaze tega sp., Je bil prepisan kot operon in iz vsakega posameznega gena. za chiA , chiB in chiC je bilo večkratnih začetnih točk transkripcije (TSP), katerih uporaba je bila določena s prehranskim režimom, uporabljenim za rast S91. V mi

Rod Micromonospora je razširjen v korenčatih stročnicah: primer Lupinus angustifolius

Rod Micromonospora je razširjen v korenčatih stročnicah: primer Lupinus angustifolius

Predmeti Mikrobna ekologija Mikrobiologija tal Simbioza Izvleček Naše trenutno znanje o medsebojnem delovanju rastlin in mikrobov kaže, da populacije, ki naseljujejo gostiteljsko rastlino, niso omejene na posamezno mikrobno vrsto, ampak vključujejo več rodov in vrst. Nihče ne ve, ali medsebojne skupnosti v rastlinah medsebojno vplivajo in ugibalo se je, da so koristni učinki rezultat njihovih skupnih dejavnosti. Med e

Linijsko specifično molekularno sondiranje razkriva novo raznolikost in ekološko porazdelitev haplosporidov

Linijsko specifično molekularno sondiranje razkriva novo raznolikost in ekološko porazdelitev haplosporidov

Predmeti Biooceanografija Mikrobna ekologija Parazitologija Izvleček Haplosporidiani so rizitarni zajedavci večinoma morskih nevretenčarjev. Vključujejo povzročitelje bolezni komercialno pomembnih mehkužcev, vključno z boleznijo MSX v ostrige. Kljub njihovemu pomenu za zanesljivo preskrbo s hrano je njihova raznolikost in porazdelitev slabo poznana. Za do

Zaznavanje kvoruma ščiti bakterijsko sodelovanje pred izkoriščanjem goljufij

Zaznavanje kvoruma ščiti bakterijsko sodelovanje pred izkoriščanjem goljufij

Predmeti Mikrobna ekologija Izvleček Kvarumsko zaznavanje (QS) je sistem za komunikacijo med celicami in celicami, ki ga najdemo v številnih vrstah bakterij in običajno nadzoruje izločene lastnosti sodelovanja, vključno z zunajceličnimi prebavnimi encimi. Pokažemo, da kanonična regulativna arhitektura QS bakterijam omogoča, da zaznajo genotipsko sestavo populacij z visoko gostoto in omejijo skupne naložbe v družbena okolja, obogatena za kooperante. Z visoko

Hranila povzročajo transkripcijske spremembe, ki ohranjajo metabolično homeostazo, vendar spreminjajo arhitekturo genoma v Microcystisu

Hranila povzročajo transkripcijske spremembe, ki ohranjajo metabolično homeostazo, vendar spreminjajo arhitekturo genoma v Microcystisu

Predmeti Sladkovodna ekologija Mikrobna ekologija Transcriptomics Popravek tega članka je bil objavljen 23. septembra 2014 Ta članek je bil posodobljen Izvleček Cyanobacterium Microcystis aeruginosa je svetovno razporejen cvetocrni organizem, ki razkroji sladkovodne sisteme po vsem svetu. Dejavniki, ki vodijo k njeni razpršenosti, diverzifikaciji in uspehu, ostajajo slabo razumljeni. Da

Življenje na robu: funkcionalni genski odziv Ignicoccus hospitalis na prisotnost Nanoarchaeum equitans

Življenje na robu: funkcionalni genski odziv Ignicoccus hospitalis na prisotnost Nanoarchaeum equitans

Predmeti Arhealna genomika Evolucijska biologija Funkcionalna genomika Dinamika prebivalstva Izvleček Morski hipertermofilni krenarchaeon Ignicoccus hospitalis podpira širjenje na svoji površini Nanoarchaeum equitans , evolucijsko enigmatičnega arheona, ki spominja na zelo pridobljene parazitske in simbiotske bakterije. Ce

Prizadevanje za enoten pogled na kolonizacijo bakterijskih zemljišč

Prizadevanje za enoten pogled na kolonizacijo bakterijskih zemljišč

Predmeti Metagenomika Mikrobna ekologija Filogenetika Izvleček Raziskovanje molekulskih mehanizmov, na katerih temelji bakterijski prehod voda-zemlja, je kritičen začetek k boljšemu razumevanju delovanja in stabilnosti kopenskih ekosistemov. Tu izvajamo obsežne analize, ki temeljijo na številnih bakterijah z vključevanjem taksonomskih, filogenetskih in metagenomskih podatkov v prizadevanju za enoten pogled, ki razjasni gensko, evolucijsko in ekološko dinamiko morskih potomcev pri prilagajanju na neaktična okolja. Hipotet

Uporaba stabilnega sondiranja izotopov za identifikacijo ključnih mikroorganizmov, ki zmanjšujejo železo, ki sodelujejo pri anaerobni razgradnji benzena

Uporaba stabilnega sondiranja izotopov za identifikacijo ključnih mikroorganizmov, ki zmanjšujejo železo, ki sodelujejo pri anaerobni razgradnji benzena

Izvleček Tu predstavljamo podrobno funkcionalno in filogenetsko karakterizacijo obogatitvene kulture obogatitve, ki jo v našem laboratoriju vzdržuje benzen kot edini vir ogljika in energije. Za identifikacijo mikrobov znotraj obogatitve, ki so najbolj aktivni pri asimilaciji 13 -C oznake, smo uporabili DNA stabilno izotopsko sondiranje. K

Funkcionalni odnos med Campylobacter concisus in želodčnim ekosistemom pri zdravju in bolezni

Funkcionalni odnos med Campylobacter concisus in želodčnim ekosistemom pri zdravju in bolezni

Predmeti Mikrobna ekologija Mikrobiota Naša skupina je z velikim zanimanjem prebrala članek von Rosenvinge et al. (2013) o karakterizaciji mikrobiote v želodčni tekočini z uporabo 16S ribosomske DNK in ribosomskega zaporedja RNA. Želodčna kislost in proteolitični encimi delujejo kot ovira za zaužitem mikrobu in s tem vplivajo na mikrobiološko ekologijo celotnega prebavil. To podpi

AHL-korumski senzorji: njihova frekvenca in delovanje med proteobakterijami

AHL-korumski senzorji: njihova frekvenca in delovanje med proteobakterijami

Zdaj je očitno, da bakterije uporabljajo regulativne sisteme, imenovane kvorumsko zaznavanje (QS), da občutijo svojo gostoto populacije. Takšni sistemi so odvisni od proizvodnje signalnih molekul, ki aktivirajo posebne gene, ko signal doseže kritično mejno koncentracijo. Takšni geni, regulirani s QS, proizvajajo fenotipe, ki zahtevajo koordinirano vedenje, da bi ljudem zagotovili konkurenčno prednost (kot sta nastajanje biofilma in patogeneza). Najbo

Biogeografija in raznolikost Collodaria (Radiolaria) v svetovnem oceanu

Biogeografija in raznolikost Collodaria (Radiolaria) v svetovnem oceanu

Predmeti Biotska raznovrstnost Mikrobna biooceanografija Izvleček Kolodarije so heterotrofni morski protitisti, ki obstajajo bodisi kot velike kolonije, sestavljene iz sto celic, bodisi kot velike samotne celice. Vse opisane vrste vsebujejo znotrajcelične mikroalge kot fotosimbiont. Čeprav so nedavne raziskave okoljske raznolikosti, ki temeljijo na molekularnih metodah, pokazale svoj dosledno velik prispevek k planktonskim skupnostim in njihovemu pojavljanju po vsem svetu, je naše razumevanje njihove raznolikosti in biogeografije še vedno zelo omejeno. Tu

Molekularni dokazi o omejevanju in razpoložljivosti železa v globalnem diazotrofu Trichodesmium

Molekularni dokazi o omejevanju in razpoložljivosti železa v globalnem diazotrofu Trichodesmium

Predmeti Bakterijska fiziologija Biogeokemija Mikrobna biooceanografija Molekularna evolucija Izvleček Dejavnost cianobakterijskega roda Trichodesmium, ki popravlja N2, je kritična za globalni cikel dušika (N) in ogljika (C). Čeprav se je izkazalo, da je železo (Fe) pomemben element, ki omejuje rast in fiksacijo trihodmija N2, ni natančnih podatkov, ki bi pokazali vpliv Fe na trihodmij . Razi

Produkcija sideroforja in oblikovanje biofilma kot povezane družbene lastnosti

Produkcija sideroforja in oblikovanje biofilma kot povezane družbene lastnosti

Izvleček Virulentnost patogenih mikrobov je lahko odvisna od posameznih celic, ki sodelujejo pri usklajeni proizvodnji molekul, ki olajšajo kolonizacijo ali izkoriščanje gostitelja. Vendar pa lahko sodelujoče skupine izkoriščajo socialni zagovorniki ali goljufi. Razumevanje ekologije in razvoj sodelovanja je zato pomembno za klinično mikrobiologijo. Preuče

Karakterizacija mešane dinamike populacije mikrobov z uporabo analize časovnih vrst

Karakterizacija mešane dinamike populacije mikrobov z uporabo analize časovnih vrst

Izvleček Zaradi splošnega pomanjkanja časovnih podatkov o prebivalstvu dinamične strukture v mikrobnih skupnostih ostajajo v glavnem neraziskane. Poznavanje dinamike skupnosti pa je ključnega pomena za razumevanje mehanizmov, s katerimi mikrobi delujejo. Tu smo uporabili računski pristop za količinsko določitev bakterij v populacijah več vrst, pri čemer smo pridobili podatke za modeliranje časovnih vrst. Poleg teg

Neposredna analiza izražanja gena tfdA s avtohtonimi bakterijami v fenoksi kislini je spremenila kmetijska tla

Neposredna analiza izražanja gena tfdA s avtohtonimi bakterijami v fenoksi kislini je spremenila kmetijska tla

Izvleček Med scenariji razgradnje v naravnih nesejanih vzorcih tal smo raziskovali ekspresijo funkcionalnega gena tfdA, ki je vključeval razgradnjo fenoksiocetne kisline, kot sta 2, 4-diklorofenoksiocetna kislina (2, 4-D) in 4-kloro-2-metilfenoksiocetna kislina (MCPA). Rezultati prikazujejo, kako je analiza, ki temelji na mesnih RNA (mRNA), zelo primerna za kvantitativno proučevanje aktivnosti specifičnih populacij mikrobov v tleh z uporabo biorazgradnje fenoksiocetne kisline kot vzorčnega sistema. S k

Primerjalna genomika patogenih rodov Vibrio nigripulchritudo prepozna lastnosti, povezane z virusom

Primerjalna genomika patogenih rodov Vibrio nigripulchritudo prepozna lastnosti, povezane z virusom

Predmeti Bakterijska patogeneza Primerjalna genomika Rekombinacija DNA Filogenetika Izvleček Vibrio nigripulchritudo je nastajajoč povzročitelj gojenih kozic na Novi Kaledoniji in drugih regijah v Indo-Tihem oceanu. Molekularne determinanti patogenosti V. nigripulchritudo niso znane; vendar molekularne epidemiološke študije kažejo, da je patogenost povezana s posameznimi rodovi. Tu s