Fabry-database.org: podatkovna zbirka kliničnih fenotipov, genotipov in mutantnih α-galaktozidaznih struktur pri bolezni Fabry | časopis za človeško genetiko

Fabry-database.org: podatkovna zbirka kliničnih fenotipov, genotipov in mutantnih α-galaktozidaznih struktur pri bolezni Fabry | časopis za človeško genetiko

Anonim

Predmeti

  • Bolezni genetika
  • Genetske baze podatkov

Izvleček

Fabryjeva bolezen je genetska motnja, ki jo povzroča pomanjkanje α-galaktozidaze A (GLA). V naših prejšnjih študijah smo strukturno raziskovali Fabryjevo bolezen s pomočjo sistema strukturnih analiz in razkrili, da so strukturne spremembe GLA zelo pomembne za razumevanje molekularne osnove te bolezni. Kolikor nam je znano, ni baze podatkov, ki bi vsebovala strukture mutantnih GLA. Tu smo zgradili bazo kliničnih fenotipov, genotipov in struktur mutantnih GLA. Do te baze podatkov lahko dostopate kot „fabry-database.org“ in je uporabniku prijazen, saj je opremljen z zmogljivimi računalniškimi orodji. Ta baza podatkov bo pomagala raziskovalcem in klinikom, ki preučujejo Fabryjevo bolezen.

Glavno

Fabryjeva bolezen (MIM 3010500) je X-povezana genetska bolezen, ki je posledica pomanjkanja α-galaktozidaze A (GLA, EC 3.2.1.22) in ima širok klinični spekter, od hude 'klasične' oblike v zgodnjem nastanku "poznejša" blaga "varianta". 1 Nedavno so rezultati presejalnih pregledov novorojenčkov pokazali, da je pojavnost Fabryjeve bolezni nepričakovano visoka, 2, A (IVS4 + 919G> A). Hum. Mutat. 30, 1397–1405 (2009). "Href = / Članki / jhg201131 # ref3 aria-label =" Referenca 3 "data-track = kliknite data-track-label = povezava> 3, 4 in da so genotipi bolnikov s tem bolezni so precej raznolike

Pred tem smo konstruirali strukturne modele mutiranih GLA, ki izhajajo iz 161 Fabryjevih nesmiselnih mutacij, in preučili povezanost med strukturnimi spremembami GLA in kliničnimi ter biokemičnimi fenotipi Fabryjeve bolezni. 6 Pred kratkim smo izvedli nadaljnjo strukturno preiskavo Fabryjeve bolezni s pomočjo sistema strukturnih analiz in razkrili, da so strukturne spremembe GLA zelo pomembne za razumevanje molekularne osnove te bolezni. 5

Kolikor nam je znano, ni baze podatkov, ki bi vsebovala strukture mutantnih GLA. Da bi pomagali raziskovalcem in klinikom, ki preučujejo Fabryjevo bolezen, smo zgradili bazo kliničnih fenotipov, genotipov in struktur mutantnih GLA. Do te baze podatkov lahko dostopate kot „fabry-database.org“ in je uporabniku prijazen, saj je opremljen z zmogljivimi računalniškimi orodji, kot je Jmol, ki je odprtokodni pregledovalnik Java za kemične strukture v 3D (//www.jmol.org ). Spletni vmesnik in aplikacije so prikazane v dodatnih informacijah S1.

Fabry-database.org vsebuje (i) obsežne informacije o mutacijah GLA, (ii) orodja za tridimenzionalno vizualizacijo strukture in (iii) orodja za iskanje mutacij GLA. Do zdaj je bilo v bazo vgrajenih 504 edinstvenih mutacij GLA. Statistični podatki o mutacijah GLA in struktura podatkov fabry-database.org so prikazani v tabeli 1 in dodatnih informacijah S2.

Tabela polne velikosti

Znotraj baze podatkov je bilo opremljenih več orodij za izboljšanje njenega obsega. Sledijo glavna spletna orodja, integrirana v fabry-database.org (slika 1). Za iskanje po izbranih poljih baze podatkov je na voljo orodje za iskanje besedila. Za intenzivno iskanje je vključena možnost nadzorne tabele. S to možnostjo lahko uporabniki iščejo mutacije Fabryja, ki so povezane s specifičnimi fenotipi. Fabry-database.org uporabnikom omogoča prikaz tridimenzionalnih struktur molekul z uporabo Jmol. Uporabnikom je na voljo veliko možnosti za vizualizacijo struktur mutiranih GLA. Slika 2 predstavlja strani, ki zadevajo strukturo mutantnega GLA z aminokislinsko substitucijo T100R. Ker bi morale biti strukturne spremembe GLA povezane z izražanjem genotipa in izidom Fabryjeve bolezni, bo 5, 6 ta baza podatkov pomagala raziskovalcem in klinikom.

Image

Seznam mutacij Fabryja.

Slika v polni velikosti

Image

Struktura: barvno slikanje mutacije T100R s površino, dostopno topilom.

Slika v polni velikosti

Glavna omejitev razširitve te baze podatkov je, da so informacije o Fabryjevih mutacijah preveč razpršene. Za njegovo nadaljnje širjenje je potrebno veliko iskanja literature. V bližnji prihodnosti upamo, da bomo zbirko podatkov količinsko razširili na vse možne mutacije aminokislin. Ta baza podatkov bo posodobljena ročno, takoj ko bo na voljo dovolj podatkov.

Za zaključek smo zgradili fabry-database.org, ki je na voljo na //www.fabry-database.org. Za dostop do fabry-database.org je pogoj za dostop do svetovnega spleta. Za optimalno uporabo vseh funkcij fabry-database.org mora biti omogočeno vtikanje v JavaScript in Java Runtime Environment.

Dodatne informacije

Word dokumenti

  1. 1.

    Dodatne informacije S1 in S2

    Dodatne informacije spremljajo prispevek na spletni strani Journal of Human Genetics (//www.nature.com/jhg)